Rechtlich bedeutet ein Aufhebungsvertrag für schwerbehinderte oder gleichgestellte Menschen, dass sie auf den besonderen Kündigungsschutz nach dem SGB IX verzichten, da die Notwendigkeit der Zustimmung des Integrationsamtes nur bei einer Kündigung des Arbeitsverhältnisses durch den Arbeitgeber oder die Arbeitgeberin besteht (§ 168 SGB IX). Auch in einem Kündigungsschutzverfahren kann jedoch ein Aufhebungsvertrag geschlossen werden, beispielsweise als Vergleich vor einem Arbeitsgericht.
Der Aufhebungsvertrag kann nachteilige Rechtsfolgen zum Beispiel für die Gewährung des Arbeitslosengeldes durch die Agentur für Arbeit haben (Sperrzeit bei der Gewährung von Arbeitslosengeld). Schwerbehinderte Beschäftigte sollten sich vor Abschließen eines Aufhebungsvertrags daher vom Integrationsamt und der Agentur für Arbeit darüber beraten lassen, welche Form der Beendigung am zweckmäßigsten ist.
Arbeitgeberinnen und Arbeitgeber müssen vor Abschluss eines Aufhebungsvertrages die Schwerbehindertenvertretung anhören (§ 178 Absatz 2 SGB IX). Dies gilt auch für Massenentlassungen im Hinblick auf die Vereinbarung von Sozialplänen, in denen häufig der Abschluss von Aufhebungsverträgen mit den betroffenen Arbeitnehmerinnen oder Arbeitnehmern vorgesehen ist.